Vamos ao comando para atualizar sua base de dados retirando pontos, traços ou algum caracteres que deseja remover!

UPDATE clientes
SET cpf = REPLACE(cpf, ‘-‘, ”)
WHERE (cpf LIKE ‘%-%’)

Com este comando estou retirando da tabela Clientes na Coluna CPF todos os traços(-) do campo .

Caso queira retirar outro caracteres especial basta troca – pelo caractere que deseja.